První informativní schůzka přípravného výboru společnosti se konala v červnu 1928 za předsednictví profesora I. Honla, přednosty Bakteriologického a sérologického ústavu UK Praha. Zakládajícími členy společnosti byli především tehdejší členové lékařské a přírodovědecké fakulty UK v Praze.

Prvním předsedou byl zvolen Ivan Honl. V r. 1937 se stal předsedou Společnosti prof. Němec, po něm Jan Kabelík. Po II. sv. válce se stal předsedou Společnosti nakrátko prof. František Patočka a od r. 1949 tuto funkci dočasně zastával Ivan Málek. Padesátá léta, proslulá povinným přejímáním sovětských pavědeckých nesmyslů, mikrobiologii nepřála. Až teprve v prosinci r. 1959 došlo k znovuobnovení Československé společnosti mikrobiologické.

V posledním období, kdy je ČSSM registrována u Rady vědeckých společností Akademie věd ČR, ovlivňovali její chod předsedové Libor Ebringer a Jaroslav Spížek.