K mezinárodní výměně informací přispívá Společnost vydáváním časopisu Folia Microbiologica (původně Československá Mikrobiologie), který v loňském roce oslavil 45. výročí svého založení. Členy redakční rady časopisu, který několikrát změnil svoji podobu, jsou přední čeští a slovenští mikrobiologové, kteří dbají na vysokou kvalitu příspěvků. V roce 2000 nahradil Jiří Matějů ve funkci dlouholetého šéfredaktora Josefa Cudlína. Časopis, distribuovaný do více než 40 zemí světa, je vydáván ve spolupráci s Mikrobiologickým ústavem Akademii věd České republiky.
Od roku 2008 je časopis Folia Microbiologica distribuován vydavatelstvím Springer.
Aktuální Impact factor (2015) je 1.335.
Přehled vývoje impact factoru Folia Microbiologica:
| Year | Impact Factor (IF) | Total Articles | Total Cites |
| 2015 | 1.335 | 87 | 1569 |
| 2014 | 1.000 | 74 | 1407 |
| 2013 | 1.145 | 87 | 1376 |
| 2012 | 0.791 | 83 | 1277 |
| 2011 | 0.677 | 82 | 1320 |
| 2010 | 0.977 | 109 | 1297 |
| 2009 | 0.978 | 83 | 1076 |
| 2008 | 1.172 | 90 | 997 |