Od svého vzniku Společnost uděluje členům, obzvláště zasloužilým o československou mikrobiologii a chod Společnosti čestné členství.
V současnosti jsou čestnými členy ČSSM:
Hana Puzová, Dušan Mlynarčik, Ivan Mikula, Matyás Sipiczki, Eva Aldová, Vladimír Bartl, Dionýz Blaškovič, Ladislav Borecký, Libor Ebringer, Miroslav Ferenčík, Jiří Häusler, Milan Hejtmánek, Sir David Hopwood, Jiří Chaloupka, Jarmila Jelínková, Ctirad John, Miloslav Kocur, Helena Kopecká, Karel Krovacek, Ivan Lefkovits, Jindřich Leopold, Erich Minárik, Vilém Muzikář, Oldřich Nečas, Leopold Pospíšil, Zdeněk Řeháček, Augustín Sokol, Bohumil Sikyta, Jan Šmarda, Ján Štefanovič, Jaroslav Šterzl, Zdenko Vaněk, Stanislav Zadražil, Petr Petráš (2016), Josef Scharfen ml. (2016), Zdeněk Žižka (2016), Cyril Klement (2017), Otília Brandeburová (2017)
Patočkova medaile byla zřízena v roce 2000. Je určena pro vynikající vědce, zaslouživší se o českou a slovenskou mikrobiologii. Medaili, jejíž návrh zpracovala akademická sochařka M. Cvengrošová, vyrobila mincovna v Kremnici.
V r. 1996 byla zřízena Cena pro mladého českého a slovenského mikrobiologa, jež je určena pro člena ČSSM, který v roce udělení nedovršil 35. rok věku a dosáhl v oboru významných výsledků, které publikoval v mezinárodních časopisech. (Více informací viz Bulletin ČSSM XXXVI (1995) str. 203-204).